Marcada desde logo pelo desentendimento entre os dois pilotos no GP de São Marino, a relação entre os dois pilotos da McLaren começou a decair ao mesmo tempo que a luta pelo título mundial aquecia com Senna e Prost a afirmarem-se como os únicos pilotos capazes de arrebatar o cetro, não obstante o início de sonho da Ferrari, que venceu o GP do Brasil com Nigel Mansell na prova de estreia do sistema de caixa semi-automática.
A duas corridas do final da temporada, o circuito de Suzuka, propriedade da Honda, recebia o Mundial de Fórmula 1, com o francês na frente e com o brasileiro na obrigação de vencer as duas provas restantes – a do Japão e a da Austrália – caso quisesse repetir o título mundial de 1988. Prost, entretanto, já havia anunciado a saída da McLaren, rumando à Ferrari para a temporada de 1990 por troca com Gerhard Berger, que faria o caminho oposto de Maranello para Woking.
Esse era apenas mais um detalhe que tornava o GP do Japão mais interessante de seguir, uma vez que no seio da formação britânica o apoio estava cada vez mais orientado para Senna, tanto da parte de Ron Dennis, diretor da equipa, como da Honda. E Senna correspondeu na sessão de qualificação, obtendo a pole position e deixando o segundo, Prost, a 1,7 segundos, numa prestação impressionante que deixou bem à vista a grande competência do paulista quando tinha de enfrentar a qualificação para uma corrida.
Mas, com o lugar da pole position fora da trajetória ideal – com a consequente desvantagem em termos de aderência na partida –, foi Prost a assumir o comando na travagem para a primeira curva, jogando-se, a partir daí, um jogo de aproximação e defesa que Senna e Prost assumiram em pleno. Aproximando-se o final da prova, Senna sabia que apenas o triunfo interessava e passou ao ataque, percebendo que a travagem para a última chicane do circuito seria um ponto de ultrapassagem possível.
A tentativa decorreu na volta 46, quando Senna tentou a ultrapassagem pelo lado direito – que lhe daria o interior da curva – da travagem para a chicane, apenas para ser ‘apertado’ por Prost, acabando o contacto por ser inevitável. Enganchados, os dois seguiram em frente para a escapatória, assumindo Prost o abandono de imediato. Já Senna, mantendo o motor Honda ligado, pediu aos comissários que o empurrassem, seguindo depois pela chicane para regressar à pista.Com danos no seu carro, nomeadamente na asa dianteira, o piloto passou pelas boxes para a sua substituição, regressando à pista em segundo e partindo depois em perseguição de Alessandro Nannini (Benetton), que ultrapassou para garantir o triunfo. No entanto, a alegria viria a durar pouco para Senna, já que a equipa de comissários desportivos, depois de uma visita de Alain Prost, acabaria por desclassificar o piloto brasileiro, argumentando que ‘cortou a chicane’.
A Federação Internacional do Desporto Automóvel (FISA), presidida por Jean-Marie Balestre, viria a confirmar a desclassificação de Senna, apesar de um posterior apelo de Ron Dennis, que procurou reverter a decisão e manter Senna na luta pelo título, tendo mesmo o piloto chegado a avançar com a decisão da sua desistência da categoria (posteriormente revertida). No entanto, apesar de ser vista como uma forma de proteção a Prost, a decisão de desclassificação de Senna no GP do Japão manteve-se, com a vitória a ir parar a Nannini, acabando este por ser o único sucesso do piloto italiano, que pouco tempo depois viria a sofrer um acidente de helicóptero que o afastou da Fórmula 1 para sempre.
Já Senna e Prost viriam a encetar novo duelo pelo título na temporada de 1990, curiosamente decidida no mesmo circuito e de forma mais espetacular, com Senna e Prost a não passarem sequer da primeira curva do grande prémio, quando o francês seguia ligeiramente à frente.
