Na largada, Takaaki Nakagami (Idemitsu Honda Team Asia) que saiu da pole position assumiu de imediato o comando da corrida, trazendo atrás de si Xavi Vierge (Tech3 Racing) e Alex Márquez (EG 0,0 Marc VDS), enquanto Miguel Oliveira era quinto, atrás de Mattia Pasini (Italtrans Racing Team)
Muito atrasado neste inicio de corrida, surgia Franco Morbidelli (EG 0,0 Marc VDS), lider do campeonato que surgia na 12ª posição, enquanto o seu mais directo adversário nas contas do campeonato Thomas Luthi (CarXpert Interwetten) ocupava a sétima posição.
Na frente Nakagami via surgir Mattia Pasini (Italtrans Racing Team) aproximar-se, mas o italiano acabaria por ser surpreendido por Alex Márquez a 11 voltas do final com o espanhol a ultrapassar Pasini e a assumir a segunda posição.
Miguel Oliveira lutava com Vierge pela quarta posição e os dois rapidamente colaram em Mattia Pasini para lutarem pela terceira posição. Vierge não demorou muito a ascender a terceiro, mas Pasini não facilitou e respondeu de imediato para recuperar a posição, acabando contudo o piloto da Tech3 racing por voltar a passar o italiano da Italtrans Racing Team e rapidamente procurar em colar nos dois da frente.
Nesta fase da corrida Hafizh Syahrin (Petronas Raceline Malaysia), estava em modo de recuperação e era o homem mais rápido em pista ocupando a sexta posição atrás de Miguel Oliveira. O malaio, passou mesmo para a frente de Miguel Oliveira a sete voltas do final da corrida e realizava a volta mais rápida, 2m07172s.Na luta pela liderança da corrida, Alex Márquez começava a mostrar-se a Takaaki Nakagami, mostrando ao japonês que não iria facilitar na discussão pela vitória na corrida e a cinco voltas do final o espanhol subia mesmo à liderança da corrida.
Nakagami que parecia evidenciar problemas com os pneus, viu Xavi Vierge passar a segundo e pouco depois era Hafizh Syahrin que passava o japonês, que desta forma caia de primeiro para quarto em apenas uma volta.
A duas voltas do final da corrida Francesco Bagnaia (SKY Racing Team VR46) que já havia passado por Miguel Oliveira, acabou mesmo por conseguir despachar-se de Takaaki Nakagami e ascender à quarta posição.
No final Alex Márquez conquistou a terceira vitória da época, relegando Xavi Vierge para o segundo lugar a 1,465s, enquanto Hafizh Syahrin foi terceiro a 3,134s, terminando na frente de Bagnaia que foi quarto a 5,415s do vencedor.
Nota ainda para Franco Morbidelli que terminou esta 15ª ronda do campeonato na oitava posição
Nas contas do campeonato e após esta ronda do Japão ,Franco Morbidelli continua na liderança do campeonato com 256 pontos, enquanto Thomas Luthi é segundo com 232 pontos e Alex Márquez regressou ao terceiro lugar somando agora 180 pontos, em troca com Miguel Oliveira que baixou ao quarto lugar com 166 pontos.
